Architect Jake Miller houdt kantoor in een van de Twin Towers van het World Trade Center. Terwijl hij in de vroege ochtend van 11 september 2001 belangrijk bezoek van vijf oude bekenden afwacht, stijgt in Boston een Boeing 767 op met aan boord Mohammed Atta, de ontbrekende zesde persoon die niet op de geheimzinnige vergadering is uitgenodigd. Daar is alle aanleiding voor, een mystieke reden die zich schuilhoudt in het artistieke en religieuze Italië van de zestiende en zeventiende eeuw. Het epicentrum van Duizend levens ligt in Rome, in de Santa Cecilia, de titelkerk van kardinaal Emilio Sfondrati. Wanneer hij op aanwijzing van de engelachtige Beatrice Cenci het graf van de heilige Cecilia onder haar eigen kerkvloer heropent, doet hij een ontdekking die hem onsterfelijk zal maken. De epische 'beving' die ontstaat strekt zich uit over ruimte en tijd heen en treft alle personages. Ook enkele bekende schilders, onder wie Guido Reni en Annibale Carracci, worden deelgenoot van Sfrondati's
