De kerk van Thorn bezit de, uiterst zeldzame, en enige gotische crypte van Nederland. Deze Thornse crypte is lastig te dateren. Ze is zeker niet voor 1250 gebouwd en dateert mogelijk nog van een eeuw later. Dit is bijzonder omdat in die tijd bijna geen crypten meer werden aangelegd. Zij is een sierlijke ruimte en wordt door drie achtkantige pijlers met Maaskapitelen (1ste kwart, 14e eeuw) in twee beuken verdeeld. Een Maaskapiteel is een gotisch kapiteel dat veel voorkomt in de Maasstreek vanaf het noorden van Frankrijk, in beide Limburgen tot het aangrenzende deel van Brabant. Het middengedeelte is versierd met een krans van waterbladen. De crypte dateert waarschijnlijk uit de 14e eeuw en heeft vermoedelijk een romaanse voorganger gehad.