Het jaar van de zondvloed is een hartstochtelijke liefdesgeschiedenis gesitueerd in het verstikkende naoorlogse Spanje van de jaren vijftig. Wanneer de non Consuelo na een periode van heftige tweestrijd voor de wereldse liefde kiest en het klooster op een nacht verlaat, wordt zij ontvoerd door struikrovers. Haar geliefde, grootgrondbezitter don Augusto Aixelà, denkt echter dat zij zijn liefde niet kan beantwoorden.