Als Tom en Katja op zolder een heel oud kistje vinden, begint hun derde avontuur. De inhoud neemt hen mee naar het Londen van de 17e eeuw, waar een voorouder van Tom de leerling was van uitvinder Cornelis Drebbel. Door de raadsels op te lossen uit een eeuwenoud album, komen ze op het spoor van een gouden, eeuwigdurende klok en het Mysterie van de Magister.Tom en Katja en het Mysterie van De Magister is het derde tienerboek dat verschenen is in een reeks Tom en Katja-avonturen. Rob is al begonnen aan het vierde boek, dat de titel Tom en Katja en het Mysterie van de Runensteen zal krijgen.